Di sebuah dunia di mana makhluk mistis dan kekuatan tersembunyi berperan besar, Gokusotsu Kraken mengikuti perjalanan seorang pemuda yang menemukan bahwa dirinya memiliki hubungan khusus dengan makhluk Kraken legendaris. Berbekal kemampuan baru yang membangkitkan kekuatan lautan, ia harus menghadapi berbagai ancaman dari kekuatan gelap yang ingin menguasai dunia. Selama perjalanannya, pemuda tersebut bertemu dengan sejumlah sekutu yang juga memiliki kemampuan unik. Bersama-sama, mereka berusaha menggagalkan rencana jahat yang dapat menghancurkan keseimbangan dunia. Pertarungan sengit, pengkhianatan, dan persahabatan diuji dalam usaha mereka menyelamatkan masa depan dunia dan mengungkap misteri di balik kekuatan Kraken itu sendiri.
